Ok quindi diciamo che in generale come mini-itx va bene tutto basta che sia Intel e abbia la scheda grafica intel HD giusto?
Esatto o se hai voglia di sbatterti qualcosina si può sempre andare sulle soluzioni AMD fusion ma non ho troppa esperienza in merito ed ho sempre visto commenti altalenanti.
Comunque se proprio proprio vuoi lo sbatto zero ancora più di intel HD c'è sempre Nvidia, lì vai di driver binario closed source e quasi senza fare nulla (a parte configurare a dovere xorg) funziona tutto al primo colpo.
Io sul mio HTPC ho installato una vecchia Geforce210 fanless e dall'avere pochi problemi (prima usavo l'integrata, una Intel GMA950 del cappero) sono passato al non averne proprio di problemi.
@GabrieleNick
Gli Atom 2800 soffrono dello stesso problema dei vecchi Z5XX, hanno quella schifezza di PowerVR come grafica integrata che sotto linux è una disperazione trovare un driver funzionante.