QApplication non è proprio la finestra, ma è la stessa QLabel che viene promossa a "finestra" al momento di eseguire app.exec().Tale promozione avviene in automatico perchè non c'è nessuna root impostata nella label, e nessun'altra form registrata, quindi la label stessa diventa una root, per cui viene creata in automatico una finestra per contenerla.Il pattern Singleton in questo caso viene applicato nell'oggetto QApplication come contenitore per gestire molte cose, tra cui anche le finestre (che possono essere molte).
Non vorrei dire una cavolata, ma credo che il tipo QWidget, da cui deriva QLabel, vada a registrarsi, nel suo costruttore, presso un oggetto singleton di Qt, il quale, a sua volta, provvede a promuoverlo a finestra.
Per info dettagliate, comunque, fai riferimento alla documentazione ufficiale :-)Normalmente non è necessario conoscere questi dettagli per l'utilizzo di Qt, quindi non mi sono mai preoccupato di andarmi a studiare i suoi meccanismi interni.