Purtroppo di default quelle amebe hanno impostato la cartella dei file del db dentro quella dell'installazione di MySQL. Controlla al suo interno. Troverai un file mysql.ini. Aprilo. Cerca una riga con datadir (mi pare): punta alla cartella in cui il server piazza TUTTI i file e cartelle del db. Ti basta ricopiarla integralmente.
Io la mia l'ho messa in D:\MySQL, per sicurezza & comodità, cambiando mysql.ini, ma occhio che si deve fare col servizio fermato.
Allora, ho trovato il file mysql sotto c:\program data.
Al suo interno c'era la riga:
# Path to the database root
datadir="C:\ProgramData\MySQL\MySQL Server 5.6\data\"
(ProgramData è nascosta di default sul mio sistema Win8.1)
Sono andato nella cartella indicata e ho trovato tutto!
Adesso provo a copiarlo e portarlo su una installazione funzionante.
Cesare... ti darei un bacio!!