non è Eclipse ma "make" che sta dando i numeri.
Forse la current dir è errata, perché il path viene specificato in senso relativo (../qualcosa).
Prova a modificare qualcosa nel makefile.
Altra ipotesi è che tu abbia copiato/spostato manualmente la cartella del progetto. Eclipse ragiona a "workspace" e quando sposti le cartelle senza chiedergli il permesso non ti va ad aggiornare i buildscript automatici.
EDIT: dimenticavo la premessa: Eclipse è una merda
