Passando ai 64 bit l'emulazione degli applicativi MorphOS (come pure quelli 68000), integrandoli in un eventuale MorphOS x64, non sarebbe possibile. Con MorphOS x86 sì, invece.
Ovviamente preferisco x64 come architettura perché è molto più diffusa, a buon mercato, e con ottime prestazioni. Per cui se transizione dev'esserci, è meglio che avvenga in questa direzione.
Al posto del team di MorphOS provvederei a integrarmi il più possibile con AROS, in modo da sfruttare tutto il lavoro che è stato fatto con questo s.o. in tema di architetture multiple.
Riguardo alle applicazioni, per quelle PowerPC (quindi native di MorphOS) chiederei agli sviluppatori una ricompilazione. Si tratta di applicazioni molto più giovani di quelle 68000, per cui credo sia fattibile (d'altra parte MorphOS è una nicchia di mercato con pochi utenti affezionati).
Per quelle 68000 non si può fare nulla che non sia già stato fatto con AROS. Anche per questo, come vedi, sarebbe meglio appoggiarsi ad AROS per avere la vita più facile.